魏晋时期道教已十分庞杂，但散乱无序。到了南朝梁代，道教理论家陶弘景写的《真灵位业图》作为个较为系统的道教神谱，开始出现。在这神谱中，陶弘景将分为七个等级，每个等级设一中位，有一个主持，中位之外又分设左位，右位若干席位，安排诸神。七个等级高低有别，，以此分级，秩序井然。各等级除了中位主神外，还有左右诸位，数量各不相等，如等级左位 29 神外，右位 19 神。

灵宝天尊居“三清尊神”第二位。南北朝时《上清》《灵宝》经相继出现太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景《真灵位业图》列第二神阶中位，名“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”为万道之主。《云笈七签》卷一百一的《太上道君纪》《上清高圣太上玉晨大道君纪》所记略同，但又稍有差异。

据《灵宝略纪》称：“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，名曰器度字上开元，及其长乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日。

在通常的道教宫观内都要供奉他们的塑像，为他们专门建造祭祀之处，称为三清殿或三清宫。他们的排列顺序为：正中间的是元始天尊，他左手虚拈，右手虚捧，象征着世界的原始状态；他的左边是灵宝天尊，手中捧着一个阴阳镜，象征着世界刚走出混沌时的状态；右边是道德天尊，手里拿着一把画有阴阳镜的扇子，象征着世界被创造的状态。在道家艺术中，关于三清的雕塑和画像内容非常丰富，至今仍然保留着许多精品。